В 1646—1647 годах, самаркандский правитель из династии Мангытов - Ялангтуш-бий Баходур начал строительство нового здания, которое должно было своим главным фасадом замкнуть площадь Регистан с третьей, северной стороны, где ранее находился улугбековский караван-сарай. В новом здании решено было разместить медресе и мечеть.

Постройка замечательна стенной живописью и богатой позолотой внутренних стен главного помещения мечети. Большое землетрясение в начале XIX века разрушило накренившийся главный портал, верхняя часть которого отстроена затем заново, но уже без изразцовой облицовки.

Это здание является в Самарканде последним большим памятником архитектуры с богатой цветной облицовкой. Ремонтно-реставрационные работы здесь начались в 20-х годах. Одновременно укреплялись старые изразцы и изготовлялись новые. К этой работе привлекались опытные узбекские мастера-керамисты.