Бухара расположена по нижнему течению реки Зеравшан, в полосе древней земледельческой культуры. Точное время возникновения города неизвестно.

Впервые город Бухара упоминается у китайских путешественников во II веке до нашей эры. В VI веке нашей эры город упоминается у китайцев под именами Пу Хо, Ну Ми. Возникновение города связано с различными легендами и преданиями. В одной из легенд рассказывается, что сын иранского царя Сиявуш прибыл в Бухару, женился на дочери царя Афрасиаба и построил там крепость Арк.

Историк X века Наршахи, родом из Бухары пишет, что ни один город не имел столько названий как Бухара. Китайцы и уйгуры называли город "Бухар", что означает местонахождение идолов. Известный русский ученый Бартольд считает, что Бухара происходит от санскритского (древнеиндийского) "Бихара", означающего монастырь. Все эти термины близки к современному названию "Бухара".

Материалы археологических раскопок дают основание полагать, что город возник не позднее I века нашей эры. О древности города свидетельствует также его культурные наслоения, достигающие в некоторых местах до 20 метров глубины.

Природные богатства оазиса Бухары привлекали внимание соседних государств и чужеземных завоевателей. В VI веке до нашей эры персидский царь Кир, а позднее Дарий, захватили бухарские земли. Господство персидских царей на территории Бухары продолжалось до 330 года до н.э.

В 329 г. до н.э. после завоевания Ирана Александром Македонским, территория Бухары (Согдианы), как и другие местности Азии, отошли во владение греков. Население оказывало активное сопротивление завоевателям, господство которых в Согдиане продолжалось до II века до н.э.

С I века до н.э. Бухара входила в состав кушанского государства. Это было одно из самых больших государственных объединений в Средней Азии. Предполагают, что центр находился в районе современного Ката Кургана (80 км от Самарканда).

В V веке н.э. Бухара вошла в состав государства эфталитов, столицей которого был город Пайкенд, в 40 км от Бухары.

В VII веке на историческую арену выступили арабы, которые в короткий срок завладели Ираном, Палестиной, Египтом и другими странами. В 709 году арабы после кровопролитного штурма взяли город Бухару.

Бухара до завоевания арабами была крупным торговым и культурным центром Средней Азии. Она имела торговые связи с Ираном, Индией, Китаем и другими странами.

Арабы стали насильно вводить религию ислам.

Арабское господство вызвало народные восстания. Одно из крупнейших восстаний того времени под предводительством Хашим-ибн-Хакимом (Муканной). Это восстание получило название "Движение людей в белых одеждах". Оно приняло широкий размах и охватило территорию между Сыр-Дарьёй и Аму-Дарьёй. Но, несмотря на мужество повстанцев восстание было подавлено.

Господствующая знать арабов, напуганная народным движением, стала привлекать к государственному управлению местную аристократию. В IX веке правителями Бухары стали крупные землевладельцы из Балха - Саманиды, названные так по имени основателя династии Исмаила Самани. Образовалось обширное феодальное государство, занимавшее территорию почти всей Средней Азии со столицей в городе Бухаре. Сильно развились ремесла, торговля и культура Средней Азии.

Внешний облик самого города резко изменился. Значительно возросло население. Вокруг Шахристана появились новые кварталы, базары, мастерские. Административным центром города была площадь Регистан. Здесь находились диваны - главные учреждения. Территория города была защищена большой стеной, имевшей 11 ворот.

В X веке Бухара стала сосредоточием высокой феодальной культуры. Здесь работали многие ученые, известные всему миру, писатели, художники. Такие как историк Наршахи, поэты Рудаки, Дакики, медик и математик, энциклопедист Абу Али ибн Сина (Авиценна), историк Белазури, Табари, Ибн-Мискавейх и др.

В 999 году территория нынешней Бухары была завоевана караханидами-пришельцами из Семиречья. Караханиды правили до 1141 года, после чего Бухару захватили новые кочевые племена - кара-китаи. В результате тяжелого гнета в 1206 году вспыхнуло восстание под предводительством Малика Санджара. Однако, соседнее государство Хорезм - шахов, пользуясь создавшимся положением в Бухаре, своими силами подавило восстание и захватило Бухару.

Богатство оазиса Бухары (Согда) привлекли в начале XIII века внимание новых завоевателей - монголов. Под предводительством Чингиз - хана они захватили значительную часть Согда. В 1220 году Чингиз - хан, благодаря предательству духовенства, и военачальников занял город Бухару.

Овладев городом, монголы разграбили его. Жители были обращены в рабство. Хозяйства подверглись разорению.

Во второй половине XIII века Бухара стала постепенно восстанавливаться. Путешественник-итальянец Марко Поло, посетивший в то время Бухару, назвал её "городом большого величия". Но всё же народ не смог смериться со своим тяжелым положением и часто поднимал восстание против монголов.

Амир Тимур, воспользовался нестабильным положением в регионе, пришел к власти. В 1370 году Бухара вошла в состав государства Тимуридов. Бухара потеряла свое политическое значение, так как столицей стал город Самарканд.

При внуке Тимура - Улугбеке, Бухара становится культурным центром феодального мира.

В 1506 году Бухару завоевали Шейбаниды - новая династия, образовавшаяся из оседлых и кочевых узбекских племен. В первые годы правления этой династии столицей оставался Самарканд. Со второй половины XI века, при Абдулла-хане (1557-1598) Бухара стала политическим центром государства, за которым укрепилось название Бухарское ханство.

В период правления Шейбанидов отмечается значительный подъем в экономике Бухарского ханства. Большинство архитектурных сооружений, которые в основном определяют внешний вид старого города, были построены в этот период. Во второй половине XVI века в правлении династии Шейбанидов большую роль играли Джуйбарские шейхи, которые владели огромными землями в окрестностях Бухары (Чор-Бакр).

В 1595 году Бухарским ханством стала управлять новая династия Аштраханидов, названная по имени астраханских царей. К концу правления династии (XVII в.) Бухарское ханство утратило свое экономическое и культурное значение. Упадок экономики ханства вызвал сокращение строительства в городе.

В 1740 году персидский царь Надир предпринял поход против Бухары. Покорив Бухарское ханство, он оставил в городе своего приемника - Мухаммеда Рахима. Последний вскоре объявил себя эмиром и основал новую династию - Мангытскую (1753-1920 гг.) Эта династия просуществовала до падения эмирата.

Период правления Мангытов был самым мрачным в истории Бухары. В упадок пришли ремесла, наука, поэзия, искусство того времени. Сократилась торговля.

В 60-70 годах XIX века царское правительство России приступило к захвату Бухарского эмирата. Бухарский эмират не был подготовлен к ведению войны с Россией. Армия её не представляла серьёзной боевой силы. В 1868 году бухарские войска потерпели поражение в кровопролитных боях под Зерабулаком. По просьбе эмира был заключен мир, по которому Россия установила протекторат над Бухарским эмиратом.

2 сентября 1920 года в Бухаре вспыхнула Бухарская народная революция, в результате которой был свергнут эмир Бухары и была провозглашена Бухарская Народная Советская Республика, просуществовавшая до 1924 года. После чего Бухара, как административный центр Бухарской области, была включена в состав Узбекской Социалистической республики.